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　　1949年春，国民党政权已陷入崩溃前的一片混乱，孙科于3月辞去行政院院长职务后，由广州移居香港。在此期间，他对国民党前途已不抱希望，同时台湾方面既不欢迎他，也不给他发放申请赴美的护照，无奈之中他只得流亡香港和海外。孙科在欧洲、美国前后旅居16年，息影山林，潜心读书，于1965年被邀前往台湾定居，次年出任考试院院长，在其晚年的最后八年，又开始了颇为忙碌的社会活动，直至1973年9月去世。

　　1949年7月，孙科去广州参加国民党非常会议返回香港后，意气消沉，认为“大局已无法挽回”。12月10日，蒋介石由成都飞往台北，没有通知孙科赴台。1950年夏，蒋介石在台湾发起国民党改造运动，也未通知孙科参加，仅由洪兰友向其通报情况。孙科向洪兰友表示，国民党应当改造，但在改造之前应召集全体中央执行委员开会议决才算合法。不久，台湾的报纸便出现了攻击孙科的报道，并风传孙科将来台湾任“副总统”，于是有关方面对孙科来台便竭力防范。孙科意欲申请赴美，但台湾当局不给他发放护照，无奈中只得暂住香港。

　　中共方面曾通过相关人士与孙科联络，但孙科对中共及其领导的革命怀有很深的成见和对抗情绪，且对国民党政权的崩溃感到无限痛惜，为此，他断然拒绝了中共欢迎他前往北京的邀请。

　　孙科在香港居留期间，因国民党政权在大陆失败的刺激和国民党前途的黯淡，他对时局深感“悲观”，“情绪非常不好”，以致身心交瘁，对政治及一切事务均表倦怠。在他的宅邸，每天都有流寓在港的国民党军政人员叩门拜访，向孙科告贷。孙科每以10元港币打发这些昔日的军政人员，后因人数日益增多，乃改为5元，但前来借钱的人仍持续不断，遂决定尽速离开香港。孙科刚到香港时，即向港英当局申请出国护照，但在1949—1950年间，孙科却为一私人之事所困扰。广东籍某女子声称与孙有染，向台湾和香港两地法院同时控告遭孙科遗弃，要求孙支付一笔数目不菲的款项。此女子得到孙科政敌的支持，其目的是阻止孙科前往台湾。双方通过法律程序进行了诉讼，一时闹得沸沸扬扬。港英政府以诉讼未决不得离港为由，拒绝签发孙科的出国护照。直到1950年春，香港法院判决孙科胜诉，他才得以出国。

　　1950年秋，孙科携夫人经印度、希腊赴法国，抵达巴黎后，暂住老友、前驻苏大使傅秉常在巴黎郊外的别墅，开始了他晚年流亡海外的岁月，是年孙科60岁。

　　孙科虽流亡海外，但起初生活却颇为优渥。1950年他寓居巴黎后，养病之余，经常游历欧洲各国，先后去过西班牙、意大利等国，下榻之处则非高级宾馆不住。绮丽的异国风光，丰盛的餐饮，似乎已渐渐洗去孙科多年从政的疲惫。

　　孙科在巴黎寓居两年后，决定转往美国。1952年7月，孙科夫人先行离开欧洲前往美国，12月下旬孙科才启程。孙科夫妇住其长女孙穗英家，次年迁居加州洛杉矶西部圣塔莫利卡，在此地居住四年，后迁至洛杉矶南面临海的lagunaBeach。

　　孙科在流寓美国期间，台湾的蒋介石对其不闻不问，偶尔有少许大陆时代的故旧前去探访。1961年，陈诚以“副总统”身份访美，也只给孙科打去一个电话而已，并没有专程前往探访，国民党驻美外交机构与孙科也无任何往来。

　　大陆中共方面仍惦记着孙科，1956年3月，周恩来总理在北京会见英国客人马坤，请与孙科有数十年私交之谊的马坤代向孙科致意。周总理说，我们不能让孙中山先生的儿子长期流亡国外，中国政府仍然欢迎孙科先生返国。

　　然而，此时的孙科似乎已倦于政治，他对周恩来的口信没有作出回应。孙科深居息影，俨然“闲云野鹤”，在南加州乡间闭门读书，只是生活颇为清苦。已无任何固定收入的孙科夫妇与次子治强一家共同生活，依靠子女的小额接济，省吃俭用，一切自己动手。其夫人陈淑英负责烹炊，孙科则收拾洗涮碗碟，洒扫庭除。甚至有一段时间，孙科夫妇因经济窘迫只能吃番薯充饥。然而，他每天仍到附近的图书馆看书，家中也堆满了书籍，完全过着一种普通老人的困窘生活。

　　1965年，孙科已经75岁高龄，在他流亡海外16年间，在台的蒋介石政权并没有对他表示出任何关心和重视，孙科也从未返回过台湾。1949年蒋介石败逃台湾后，大陆时代众多的国民党元老全被其“悬置”起来，而在历史上多次与蒋反目的孙科更不能在台湾立足。此时的孙科已步入垂暮之年，蛰居海外，虽然清闲，但静极思动，加之在美生活颇为清苦，诸般杂事皆须自己动手，生活上有诸多不便，渐生归台之意。而台湾方面，自60年代初始，孙科的某些故旧也为孙科赴台多方积极活动。1962年“双十”节前夕，中山县籍“立委”刘崇龄向“行政院”提出质询，他说：“哲生先生功在国家，过去担任过国民政府的副主席和行政院院长、立法院院长。最近孙先生于言词之间也怀念台湾的老朋友，同时表露出有思乡之感。”刘崇龄要求当局主动邀请孙科返台。对刘崇龄的质询，行政院副院长王云五回答说：“政府非常欢迎哲生先生回国，而且在筹备中的第三次阳明山会谈，哲生先生也列入尽先邀请的名单。”不久，孙科的故旧、国民党元老梁寒超等粤籍要人积极活动，为孙科赴台进行各项具体安排。

　　1964年由台湾出资，在美组织了“中华文化教育基金会”，并推举孙科任董事长，孙科前往华盛顿参加年会，来往机票及餐宿费用均由该会负责。从此之后，孙科与台湾官方机构重新建起了联系，孙科有意返台，蒋介石也有心欢迎。于是，1965年10月29日，孙科搭机从美返台，在台北松山机场受到蒋经国及2000余人的热诚欢迎，场面之盛大令孙科潸然泪下。从此，孙科结束了海外流亡生涯，投奔蒋介石统治下的台湾。

　　孙科抵达台湾次日，在蒋经国的陪同下，专程从台北乘专机前往高雄蒋介石官邸拜谒。自1949年广州分手，16年后他们在台湾相逢，过往旧事已如昨日烟云，彼此相见甚欢。蒋介石设午宴招待孙科，饭后并邀同车到外面游览风景。蒋并亲送孙科回左营军校寓所。蒋介石还将自己曾住过的阳明山第一宾馆交给孙科及其家属居住，该住所系日式平房，花木扶疏，清静幽雅，孙科在台一直居住于此。

　　孙科承蒙蒋介石以礼相邀，便积极投桃报李。一周后，台北举行“华侨救国总会第三次代表大会”，在开幕典礼上，孙科发表了返台后第一次公开演讲，明确表示全力拥护蒋介石。半个月后，在纪念孙中山先生百年诞辰大会上，孙科再度吹捧蒋介石，抨击中国共产党。

　　返台后的孙科在许多重大场合表明了支持蒋介石的政治立场，这些均被蒋介石一一看在眼里。1965年12月20日，蒋介石正式聘孙科为“总统府资政”，1966年9月1日，蒋介石又正式提名孙科为“考试院”院长，从此孙科又名列台湾党国要人之列。虽然“考试院”院长只是一个闲职，然对于年已76岁的孙科而言，已心满意足了。