根据1993年巴以签署的奥斯陆协议，巴以争端中的棘手问题将在巴以最终地位谈判中解决。这些棘手问题主要包括：耶路撒冷地位、巴以边界划分、巴难民回归、犹太人定居点和水资源分配等。由于在上述问题上分歧巨大，巴以至今未能签署永久性和平协议。

　　一、耶路撒冷地位问题

　　耶路撒冷位于巴勒斯坦地区中部，是犹太教、基督教和伊斯兰教的共同圣地。

　　1947年11月联合国大会通过巴勒斯坦分治决议，规定耶路撒冷为国际化城市，由联合国管理。第一次中东战争结束后，耶路撒冷被阿以双方的停火线由北向南切割为东、西两个部分，巴勒斯坦人居多数的东区被约旦(当时叫外约旦)占领，犹太人为主体的西区被以占领。1967年以占领东耶路撒冷，1980年7月以议会通过法案，宣布耶路撒冷是以色列永久首都。

　　巴勒斯坦自20世纪60年代就宣称耶路撒冷是巴领土的一部分，以必须全部放弃。1988年11月，巴勒斯坦全国委员会第19次特别会议通过《独立宣言》，宣布建国，耶路撒冷为巴勒斯坦国首都。

　　二、边界划分问题

　　1947年11月联合国大会通过第181号决议，决定在2.7万平方公里的巴勒斯坦地区建立一个“犹太国”和一个“阿拉伯国”，其中，“犹太国”占约1.49万平方公里，“阿拉伯国”占约1.15万平方公里。1948年5月14日，以色列国宣告成立。但“阿拉伯国”因阿拉伯人拒绝分治决议没有诞生。在随后爆发的第一次和第三次中东战争中，以占领了包括约旦河西岸、加沙地带和东耶路撒冷等在内全部“阿拉伯国”领土。联合国安理会先后通过第242号和第338号决议，要求以撤出所占领土。长期以来，巴方坚持并决心将在1967年战争爆发前的边界内建立独立的巴勒斯坦国，但以政府则坚持未来以巴边界不能回到1967年战争前的状态。

　　三、犹太人定居点

　　以色列是世界上唯一以移民定居而形成的国家。1967年第三次中东战争结束后，以开始在被占领土上修建犹太人定居点。几十年间，以先后建立了200多个定居点。在巴以和谈中，巴方一直要求以必须拆除所有定居点。2005年8月，以实施单边行动计划，撤出位于加沙地带的全部21个定居点和4个位于约旦河西岸北部的定居点。目前，以在约旦河西岸还有100多个定居点，人口约20多万。

　　四、难民回归问题

　　巴难民问题是历次中东战争特别是第一次和第三次中东战争的产物。战争先后导致100多万巴勒斯坦人流离失所。据联合国有关部门统计，截至2005年，登记在册的巴难民已超过440万，除约旦河西岸和加沙地带外，这些难民主要分布在约旦、黎巴嫩、叙利亚。根据联合国1948年通过第194号决议，巴难民具有回归权。但难民能否回归、回归多少将涉及巴勒斯坦、以色列等中东相关国家的民族构成、人口比重和社会安全等重大利益。因此，在巴以和谈中，以方坚持巴难民就地安置，反对回归。

　　五、水资源分配

　　巴勒斯坦地区60%以上属于干旱和半干旱地区，包括地表水、河流和地下水等可再生水资源总量估计为20亿立方米。在数量上，以占有和消耗全部水资源的80%，巴只能享用剩余的20%。另外，巴以关于水资源分配还涉及边界划分、犹太人定居点前途等问题。因此，以反对彻底同巴进行水资源再分配，主张共同管理水资源，以保证以水资源安全不受威胁。巴则坚持收回所有加沙和约旦河西岸水利设施的所有权，拒绝接受与以共同管理水资源。