1966年5月16日，《人民日报》刊登了戚本禹的文章《评〈前线〉、〈北京日报〉的资产阶级立场》。文章点名说：“邓拓是一个什么人？现在已经查明，他是一个叛徒。在抗日战争时期又混入党内……1957年夏天，他是资产阶级右派方面一个摇鹅毛扇的人物。”经历过波澜起伏的党内斗争，又担任过《人民日报》社总编、社长的邓拓，当然懂得这篇文章的“定性”含义，这使他失去了最后的精神依托。

　　离开《人民日报》

　　开辟“三家村”专栏

　　早在1958年8月，邓拓就被批准离开《人民日报》，但交接工作却是到1959年2月才完成的。全体同仁为邓拓送别，邓拓当场吟咏了自己充满激情的古典诗《留别人民日报诸同志》：

　　笔走龙蛇二十年，分明非梦亦非烟。

　　文章满纸书生累，风雨同舟战友贤。

　　屈指当知功与过，关心最是后争先。

　　平生赢得豪情在，举国高潮望接天。

　　从1949年7月担任《人民日报》总编辑，到1959年2月离去，10年风雨同舟，他和《人民日报》有着特殊的感情。

　　1957年4月，毛泽东当面斥责邓拓，1958年3月的南宁会议上，毛泽东又一次以批评那篇“反冒进”社论为由，在中央工作会议上点名批判邓拓。从南宁回到北京，邓拓即正式递交了自己的辞职报告。

　　对邓拓的境遇，他的老首长彭真很了解，也很同情，通过中组部把他调到了北京市委。由彭真安排，邓拓于1959年2月到职北京市委书记处书记，分管文教。

　　从1961年起，中央实行“调整、巩固、充实、提高”八字方针，纠正“大跃进”的一些错误做法。对此邓拓积极拥护。年初的1月11日，北京日报社长范瑾传达了邓拓关于报纸宣传的讲话，大意是要提倡读书，报纸要多发一些古人发愤图强、发愤读书的故事。这是与提倡人们与灾难斗争有关的。

　　听到这番讲话后，《北京晚报》编辑找到邓拓，请他给晚报写文章。邓拓答应在晚报“五色土”副刊开设《燕山夜话》专栏，并于1961年3月19日刊登了第一篇文章《生命的三分之一》，倡导读书之风。

　　《燕山夜话》受到了读者欢迎，使得《前线》杂志编辑不甘落后，他们多次提出，请他在《前线》开设专栏。邓拓觉得靠一个人写稿恐误了编辑截稿期，就提出请人合作，结果将市委统战部长廖沫沙和副市长吴晗拉着一起上马了。

　　1961年9月20日，邓拓、吴晗、廖沫沙一起吃饭商议为《前线》写稿事宜。邓拓提议，3个人合开杂文专栏，就叫‘三家村’。”于是起了“三家村札记”这个俏皮名字。

　　《三家村札记》从1961年出刊到1964年停刊，总共刊登了198篇文章(其中有5篇不是邓、廖、吴写的)。期间，邓拓之所以能够连续写作《燕山夜话》和参与写作《三家村札记》，很重要的条件是，1962年1月中共中央召开“七千人大会”后，党内民主空气有所发扬。但是到了1960年代中期，国内“抓阶级斗争”的空气越来越浓，活跃的思想气氛逐渐消失。反映活跃思想的《三家村札记》首当其冲地受到了怀疑。

　　1963年3月，中共中央批转了文化部党组关于停演“鬼戏”的报告。5月，江青到上海，组织批判戏剧《李慧娘》的文章，廖沫沙发表在《北京晚报》上的文章《有鬼无害论》即受到批判。这是对“三家村”的当头一棒。廖沫沙不得不在北京市委统战部内作了检讨。1965年2月18日，廖沫沙的检讨刊登在《北京晚报》上。

　　吴晗感到环境险恶，给邓拓写信，提出不再参加“三家村”写文章了。邓拓、廖沫沙心照不宣，表示同意。《三家村札记》在最后一篇《遇难而进》的文章中落下了帷幕。

　　抵制“姚文”

　　1964年8月，中共华北局在北戴河召开会议，决定发表批评吴晗有关“道德继承”的文章。李筠接到彭真、刘仁从北戴河打来的电话指示，赶到那里去写批判文章。同时，刘仁和邓拓电招吴晗去北戴河写检讨。

　　李筠的文章写完，由邓拓修改定稿，将文章定题为《无产阶级对剥削阶级的道德是革命呢，还是继承?——就“道德继承论”与吴南星同志商榷》，署名金世伟(北京市委的谐音)，前面还加了编者按。

　　编者按说：这篇文章针对吴南星同志的“道德继承论”，提出了原则性的严肃批评。我们认为这是一场很有意义的争论。吴南星同志的《说道德》和《再说道德》两篇文章，发表于本刊“三家村札记”栏内。“三家村札记”是杂文专栏，由几位作者轮流撰写，均署名吴南星。现在看来，我们当时采取这种做法本身就不妥当，因为实际上文章既非集体创作，而作者意见又非完全一致。吴南星同志的《说道德》和《再说道德》两篇文章是经过本刊编辑部看了的。我们当时对于剥削阶级的道德，没有从“革命呢还是继承呢”这个根本问题上加以考虑。对文章只是做了一些枝节的修改，就同意发表了。这是原则性的错误。同时，在原则性问题上做了无原则的迁就，也是错误的。

　　这篇文章后来并没有发表，其原因至今还是未解之谜，只能说有一场更大的灾难在等待吴晗和邓拓了。

　　11月28日，彭真在人民大会堂召集会议，布置转载姚文。他一边布置，不由地感叹了一句：“吴晗在解放前从事民主斗争。”

　　1965年12月2日，邓拓、范瑾召集《北京日报》、《前线》学术批判小组人员开会，传达市委的态度。邓拓说：对这次争论，要有个基本态度。先当学术问题来搞，即便是政治问题处理起来也比较稳当。政治问题和学术问题要分开，如果一下分不清，就先当学术问题来处理。要把不好的风气扭过来，当然，姚文元提出政治问题也不能回避。在真理面前人人平等，都有发言权。现在首先要缓和这个局面，应该有人写文章。肯定姚文元的文章哪些地方是对的，哪些地方过火；吴晗哪些地方是对的，哪些地方确实错了。

　　邓拓提出，研究《海瑞罢官》，大家可以研究剧本本身的问题，材料观点都要站得住，姚文元的引文就有毛病。吴晗讲他1959年写《论海瑞》，是反右倾机会主义的。后来马连良请他写剧本，改了7稿，1961年8月8日定的稿。同年上演，演到1962年8月。他原来题目是写海瑞，第四稿才改为《海瑞罢官》，是大家提了意见才改的。

　　邓拓的意见得到彭真的支持。12月初，彭真指示邓拓写一篇批判吴晗的文章。邓拓即要李筠把前面提到的被按下没发的“金世伟”文章拿出来参考。因为有这个基础，邓拓新文章出得很快，题目叫《从〈海瑞罢官〉谈到“道德继承论”——就几个理论问题与吴晗同志商榷》，署名赵凯。

　　邓拓把文章送交彭真，彭真认为太简单了，需要再改。邓拓重新改写后，经市委书记们传阅，彭真定稿，署名“向阳生”，12月12日在《前线》、《北京日报》以显著的地位同时发表。这篇文章以学术讨论的语气，对吴晗的道德继承论提出不同意见。

　　赶写向阳生文章的同时，邓拓根据彭真的指示，写信给吴晗，让他迅速写出关于“海瑞罢官”的自我检查。

　　吴晗很快写出《关于〈海瑞罢官〉的自我批评》一文，就有关事实和历史依据问题进行说明和解释，表明《海》剧与“单干风”、“翻案风”无关。但在某些问题上，他违心地承认了错误。吴晗的检查刊发在12月27日的《北京日报》上。

　　1966年1月16日，许立群召集北京6个报刊编辑部会议，仍在把对姚文的讨论控制在学术范畴里。