在科学园成立时，北大没有进行任何形式的投资，科学园自身也没有任何经营收入，名下没有任何自己的资产。2000年9月，北京大学与北大资源集团共同出资组建“北京北大科技园有限公司”，科学园由此被取代。
但从1996年12月开始，科学园办公室就以事业单位的性质在北京银行燕园支行建立了自己的账户。巩运明、叶丽宁等北大资源集团高管，在未向北大校方请示、备案的情况下，将资源集团的收入隐瞒，不入单位大账，直接转至北大科学园。至2000年9月北京北大科技园公司正式成立之时，科学园账上积淀了大量的资金。
据巩运明介绍，科学园办公室账上的钱，主要是北大资源集团收取的房租钱，即校办或院系办的公司租用资源集团的房子或者租房的人不需要正式发票的房租。
之所以把这笔钱转到“科学园”账上，巩运明说，主要是因为集团每年要给学校上缴管理费，如果房租收入都走资源集团账户的话，这些收入都要缴税。
截至2005年1月，资源集团累计将房租收入6500余万转移到了科学园账上核算。
小金库成巨额奖金来源
这笔数额不菲的小金库资金，成为北大资源集团发放巨额奖金的“来源”。
从账外资金变成奖金的方法并不复杂。以2002年1月第一次发放的奖金为例，2002年1月经营班子对2001年度员工奖金分配方案确定后，经叶丽宁审批，2002年1月16日会计郑某以还往来款的名义将302万元从资源集团在中行中关村分理处的账户转到资源集团在建行北大南街分理处的基本账户上，并用该款给24名员工发放了奖金。
此后的几次发放方式与此次雷同。通过“借款”、“往来款”等财务手段，这笔实际独立于资源集团的资金，以奖金名义，流入公司高管和部分员工袋中。
而奖金的发放，由集团高管统一决策。一般的流程是，先在董事长巩运明、总裁叶丽宁、副总裁张永祥、副总裁黄琴芳等经营班子成员会上提出方案，内容包括发放人员范围，每个人的发放额度以及发放的奖金总额，然后交到董事会审核确定。几名高管的奖金额度，也在这两个会上讨论决定。
而这个奖金分配方案的主要提出和决策人，是总裁叶丽宁。
在北大资源集团，叶丽宁是实权派和主事人。叶丽宁出生于1967年，1987年毕业于北京大学法律系。此后，叶丽宁的成长、成熟，一直到事业的发展、壮大都是在北大完成。根据北大校方相关资料，叶丽宁1987年毕业后留校，先后担任北京大学党委科员、科长等职务，其间也担任《马克思列宁主义理论》等大学必修政治科目教师，后出任北京北大资源集团副总经理。1998年1月，巩运明退休，叶丽宁继任总裁一职并进入公司董事会，巩运明被返聘担任集团董事长。2003年4月巩运明正式离职，不再担任领导职务，叶丽宁担任公司董事、总裁，巩运明依然被任命为公司董事，任期两年。
因此，从2001年到2004年的私分国有资产案中，叶丽宁是全程参与者，其目前在逃。
2003年，北大资源集团进行人事调整，仇守银开始担任资源集团常务副董事长。新的薪酬委员会也在这一年成立，成员包括常务副董事长仇守银、总裁叶丽宁、财务总监吕某、副总裁朱宏涛。公司的奖金分配方案改由薪酬委员会研究决定。张永祥、黄琴芳作为经营班子成员参与讨论审批过程。巩运明此时已经退休，不再担任领导职务，但因为其依然担任集团董事，因此资源集团在第四、第五次奖金发放过程中依然向巩运明进行了发放。
部分奖金抵扣房款
分配给员工的奖金，并不只发放给经营班子的高管，还包括部分集团员工，至于哪些员工能获得这笔奖金，一开始计划按照业绩完成情况确定，但这一原则在事实上并未得到贯彻。
据涉案的集团副总裁张永祥称，奖金发放的范围就是部分集团总部员工，大概有四十人左右。奖金的额度是巩运明或叶丽宁根据其他校办企业及公司效益情况确定的，在经营班子会上拿出分配草表让大家平衡，各个部门领导平衡部门内部员工额度。平衡修改之后把表交给巩运明或叶丽宁，他们交给财务部门重新制表，集团领导签字后，由财务部门执行。
根据检方调查，这些发出的奖金，均没有缴纳个人所得税。
分配给员工的奖金，一部分直接支付现金，另一部分则用来抵扣购房款。据检方的统计，从2001年到2003年期间集团从购房职工奖金中抵扣房款总计1844110元。
这个购房款，源于2000年左右，北大资源集团提供给职工的一次购房机会。
据巩运明介绍，北大资源集团在2000年与北京飞达电子集团合作，对方出地，北大资源集团出钱，在海淀区苏州街75号院投资联建商品房销售给职工，资源集团全额垫付了房款，并以4300元/平米卖给职工，要求职工选中房后先交一半的房款，其余房款可以从历年的奖金中逐年扣除。
据检方调查发现，虽然北大资源集团与北京飞达电子集团联合建房，共同解决职工住房问题，而且为职工办理的是福利分房性质的产权证书，但实际上资源集团是以飞达电子集团确定的价格向职工出售，未向员工提供任何形式的补助，因此从售价上看此次分房并不属于福利分房，而是属于北大资源集团替职工现行垫付房款，之后再从职工工资、奖金中予以扣除。由于房款应由员工自行负担，因此在五次奖金发放过程中抵扣的房款部分，检方认为也应该作为私分国有资产的数额进行认定。
