由此，江西省医学会认定，该病例属于一级乙等医疗事故，由医方承担次要责任(其中湖口县中医院承担次要责任的80%，九江市第一人民医院承担次要责任的20%)。
由于该结论与九江市医学会的结论截然不同，原告与被告都表示不服，都提出要求中华医学会重新鉴定。这样，浔阳区人民法院通过江西省高级人民法院委托中华医学会进行鉴定。
2010年3月23日，中华医学会作出鉴定书，也认定此事故为一级乙等医疗事故。与江西省医学会的鉴定结论不同的是，中华医学会认为两家医院应当承担事故的主要责任。
据此，浔阳市人民法院于2010年8月23日下达判决书，判决董林波获得医疗费、误工费、陪护费等费用总额共642432.01元，其中湖口县中医院承担80%即513945.61元，九江市第一人民医院承担128486.40元。由于此事件为医疗事故，鉴定费由两被告负担。
历时15个月的官司并没有随着判决书的下达而结束。董水金和被告九江市第一人民医院都向九江市中级人民法院提起上诉。
“其实在这个事故中，我们是比较冤的。”九江市第一人民医院医务科负责人袁向阳对中国青年报记者说：“当时病人家属在湖口县中医院闹得很厉害，湖口县政府从维稳的角度出发，找到我们医院领导希望可以去接一下病人。当时医院没有车载呼吸机，按照常规，我们是不会主动去接病人的，病人一般是被送进来的。实际上我们是做了好事，但没有好结果。”
九江市第一人民医院还认为：“中华医学会不了解基层医院医疗设施配置低，医疗条件差，鉴定结论脱离了当地实际”，因此请求医方只承担60%的责任。
但董水金认为，董林波的损害完全是由医方的医疗事故造成的，医方应承担90%的责任。同时，他对护理费，被抚养人生活费、残疾用具费等的赔偿数额也有异议。
2010年11月30日，九江市中级人民法院作出“驳回上诉，维持原判”的终审判决。目前两家医院赔付的款项已经到位。
家属要求追究当事医生的刑责
跟很多医疗纠纷一样，在此事件中，有没有篡改病历，成了后期董水金追责的重要方向。
“我儿子根本就没有甲亢，医院病历造假，虚构了我儿子有甲亢。”董水金说。
从董水金提供的临时医嘱单复印件可以看到，从2008年7月19日至10月14日，医院给董林波做了8次甲亢检查。出院记录上显示有三项不合格。而在2009年2月21日，中国人民解放军第171医院的检验报告中，却显示上述三项合格，而且，此后4次检查也都显示合格。由于甲亢3个月内基本不可能治愈，董水金怀疑九江市第一人民医院可能存在病历造假。
然而中华医学会的鉴定结论认为，医院甲亢诊断成立，鉴定报告认为董林波的“目前后果”与甲亢无关。九江市第一人民医院医务科负责人袁向阳在接受采访时说：“甲亢的诊断肯定是存在的，而且中华医学会的鉴定书上已经有结论。甲亢与病人的损害后果没有关系，我们没有必要虚构这样一个病，这是没有意义的。”
对于病人目前没有甲亢的情况，袁向阳表示：“医学上的事情有些是没法解释的，我们也说不清楚。但是我可以负责任地说当时患者确实有甲亢。我们是一家三甲医院，医疗检查是非常规范的。”
除了怀疑篡改病历，董金水还向当地公安机关提出控告，要求追究湖口县中医院、九江市第一人民医院相关医务人员的责任，“我们家的不幸，是两家医院医务人员造成的，必须追究他们的刑事责任。”
董水金认为董林波的缺血缺氧性脑病与医生的渎职有直接关系，董林波入院时系重度低钾症，中华医学会的鉴定结论认为低钾血症诊断处理并不复杂，“如果医方采取正确有效的救治措施，大多数患者是可以避免呼吸心跳骤停情况发生的”。
2011年6月22日，湖口县公安局正式立案，对涉嫌医疗事故罪的接诊医生刘政展开侦查。
董水金告诉记者，今年5月，医生刘政的姐夫、外甥与董水金的同学刘爱元来到医院，“开价10万元，要我不要告刘政”。7月21日，刘政再次委托刘爱元致电董水金，“在原来的基础上又加了两万元，要求私了”。
对此，记者打电话向刘政求证，但他的手机一直处于“来电提醒”状态。记者致电刘爱元，刘证实了董水金的说法，刘爱元说：“我记得5月双方见面，刘政的姐夫同意拿出8万元私了。”
近日，中国青年报记者致电湖口县公安局负责此案的王队长，他说，目前此案在侦查中，没有太多进展，尚未移交检察院。
董水金告诉中国青年报记者，为了给儿子治病，他们家把房子也卖掉了。2011年年初，儿媳也与儿子办理了离婚手续，他考虑到儿媳还年轻，为了不影响儿媳未来的生活，同意儿媳解除与儿子的婚姻。他作为董林波的监护人在离婚协议书上按下了手印。根据协议，两岁多的董嘉棋交给了爷爷奶奶抚养。
董水金说，儿子现在的病情比较稳定。“至于能否恢复，医生说只能期待奇迹的发生”。
虽然已经过去3年多了，但董水金依然坚持追责和维权，“医院出了医疗事故，不可能赔点钱就算了！”
