是否过度包装求上市
“把关人成为利益合谋者？”——在众多质疑中，对于“直投+保荐”模式，最为核心的一条抨击是利益驱动下，原本应该中立客观的投行部门是否会跑偏。有市场人士形象比喻，“房地产中介的工作人员自己家的房子也要卖，他肯定会在给客户介绍房子的时候，顺手先天花乱坠地推销自己的房子”。
质疑者的逻辑是，投行在“绑”上直投业务的双重利益驱动下，一些资质颇差、甚至一些暂时条件尚未达到上市的企业会被过度包装，投行部门将难以恪守中立客观的立场，“直投+保荐”模式存在巨大的道德风险。尽管在监管层的三令五申之下，券商均在内部设立了颇为严格的隔离墙，但由于不少投资项目为实现利益最大化，往往是由券商高层统一调配资源，隔离墙形同虚设。
更为让人诟病的是，有不愿具名的业内人士指出，这一投资模式难以避免部分保荐人在保荐过程中为个人违规谋利，“越来越多的券商将获得直投业务资格，在一些内控不严、把关不当的公司，会不会出现一些强势的保荐人利用工作之便获得股权，让直投公司代为持股？这在实践中并非不能操作，如果出现这种情况，指望保荐人会遵守最基本的职业操守不是天方夜谭么？”而此前谢风华、李绍武案的爆发更是让股权投资界不少人坚定这一推断。
“其实好几个直投的项目，我们的投行部门都看不上。”对外界认为投行及直投业务部门之间是天然的利益同盟，有直投人士反驳道，且不论内部隔离墙，目前在绝大多数券商内部，投行业务都是绝对的强势部门，相比之下直投部门影响力非常弱，“所以两个部门选择项目都是自己把关，投行部门绝对不可能因为直投部门投资了一个公司，不论好歹就去冒风险包装，万一上不了市，或者上市了包销怎么办？回头还砸了自己的牌子。”
投行人士则认为，新股发行体制改革以来，证监会对保荐人的监管层层加码，从创业板、中小板的上会情况来看，不少项目都在发审会上被“毙”，能否上市绝非投行所能左右。
对于近年来爆出的几起PE腐败案件，多数直投人士都承认行业里确实存在腐败和牟利的情况，但均坚称“仅仅是个案，不能放到所有从业者身上”，这些腐败案件和“直投+保荐”业务模式无关，凡涉及借保荐之名中饱私囊的行为均应受到严厉惩处。因为近年来，监管层针对券商的直投和保荐业务监管作出了极其详尽的规定，从监管、制度等方面已经充分进行了独立和隔离。
是否推动高价发行
突击入股、投资项目高市盈率上市更是一些人士担忧券商直投腐败的重要依据。
清科研究中心分析师罗姝提供的一组数据显示，券商直投项目自2009年底创业板开闸开始进入了收获期，截至2011年7月底共有36个券商直投项目获得IPO退出。在36个券商直投项目中，“保荐+直投”项目有34个，平均投资回报周期为14.35个月，投资回报周期最短的仅5.5个月，周期最长的也仅有两年半(27.90个月)。
与投资周期短相伴的，是近两年大量创业板、中小板企业高市盈率上市，其中不乏直投项目。质疑者认为，券商在成为拟上市公司的股东后，不论是为了赚取更多的承销费，还是为了更高的退出价格，都有理由推高公司上市的价格。
“没有券商直投，前两年新股发行价格就不会高吗？”面对指责，有券商人士称其为“欲加之罪”，在他看来，前段时间出现的“双百”高发个股是资本市场中多项因素导致的综合结果，“比如没有退市制度、散户喜欢打新的投资习惯、同期二级市场中小盘股票的爆炒等都是影响新股定价的主要原因，IPO重启到现在，券商直投上市项目占全部上市的数量仅超过5%，完全无法影响大局”。
而不少统计数字都忽视了直投锁定期。肖雪生介绍说，上市前入股的股东所持有的股份，根据其入股时间距离申报和上市时间的长短不同，有1-3年的锁定期，这些股东未来减持在公司上市12-36个月以后，减持的价格是减持时点的市场价格，而非发行价格。因此在不少券商看来，最终退出时的收益率和发行价格无关，证券公司也就不存在为了增加投资收益而推高发行价格的动机。
而对于投资周期短于民间及外资资金的质疑，在某公司上市前不到一年突击直投的券商人士直呼市场存在“误读”，在他看来，饱受市场质疑的几单从券商直投完成投资到目标公司上市不到6个月的少数几个案例，(包括钢研高纳、银江股份和神州泰岳)全部是首批创业板项目。在创业板开板阶段，各中介机构“5+2”、“白+黑”，周末无休、夜晚无休，极大加快了该阶段首批创业板项目的审核速度。“但这是特殊历史背景下形成的，在创业板正常运行后，发行速度已经回归正常水平，投资后6个月内，被投资企业即可完成上市的情况未来几乎不可能再出现了”。 记者 蔡宗琦
